Das Ziel ist, ein Netz von Schutzzonen für wildlebende Pflanzen- und Tierarten zu schaffen
So soll das europäische Naturerbe für nachfolgende Generationen erhalten werden. Der Schutz besonders gefährdeter Arten ist dabei ebenfalls ein wichtiges Anliegen. Um die verschiedenen europäischen Lebensraumtypen in ausreichender Qualität und Größe zu sichern, wurde 1992 die Fauna-Flora-Habitatrichtline erlassen, die die Mitgliedsländer der EU verpflichtet, anhand bestimmter Kriterien, entsprechende Gebiete herauszusuchen und anzumelden.
Die Bestimmungen der Richtlinie sind inzwischen in das Naturschutzgesetz Baden-Württemberg aufgenommen worden (§§ 36 u.37). Für die Meldung der FFH-Gebiete in Baden-Württemberg ist das Ministerium für Ernährung und ländlichen Raum (MLR) zuständig. Derzeit findet die Auswertung der bisher ermittelten FFH-Gebiete in Brüssel statt. Zusammen mit den nach der Vogelschutzrichtlinie ausgewiesenen Vogelschutzgebieten ergeben sie das Schutzgebiet Natura 2000. Im Stadtkreis Pforzheim ist bisher kein Vogelschutzgebiet ausgewiesen worden. Dagegen betreffen drei FFH-Gebiete auch städtische Flächen.
FFH-Gebiet Enztal bei Mühlacker
Mit diesem FFH-Gebiet wird eine ausgesprochen vielgestaltige Landschaft geschützt, die den Naturräumen "Neckar-Tauber" sowie "Schwarzwald" zuzuordnen ist. Lang ist die Liste der wertvollen Lebensräume im Gebiet Enztal bei Mühlacker: Fließgewässer mit flutender Wasservegetation, feuchte Hochstaudenfluren, Kalktuffquellen, Pfeifengraswiesen und Auenwälder in den feucht geprägten Bereichen; magere Wiesen, Kalkfelsen mit Felsspaltenvegetation und verschiedene Waldgesellschaften auf eher trockenem Untergrund. Das FFH-Gebiet hat eine Größe von ca. 3064 m². Mehr als die Hälfte der Fläche ist bereits als Naturschutzgebiet, Landschaftsschutzgebiet oder als Teil des Naturparks "Stromberg-Heuchelberg" geschützt. In Pforzheim gehören magere Salbei-Glatthaferwiesen teilweise mit Streuobstbestand sowie Wiesen mit einem hohen Anteil an Wiesenknopf (Sanguisorba officinalis) im Nordosten der Stadt zu diesem FFH-Gebiet. Von den aufgelisteten besonderen Falterarten kommen der Dunkle Wiesenknopf-Ameisenbläuling (Maculinea nausithous), der Große Feuerfalter (Lycaena dispar) und die Spanische Fahne (Callimorpha quadripunctaria) als prioritäre Art hier vor.
FFH-Gebiet Pfinzgau Ost
Der Erhalt der typischen Kraichgaulandschaft mit ihren vielfältigen Strukturen und Arten ist das Schutzziel dieses FFH-Gebiets. Artenreiches, extensiv genutztes Grünland darunter Magerwiesen und orchiedeenreiche Halbtrockenrasen sowie naturnahe Kalk-Buchenwälder sind kennzeichnend für diese Region. Als besonders schützenswerte Arten dieses FFH-Gebiets sind vier Falterarten, nämlich der Dunkle und der helle Wiesenknopf-Ameisenbläuling, der große Feuerfalter und die Spanische Fahne verzeichnet. Insgesamt umfasst das FFH-Gebiet 1766 ha. In Pforzheim gehören im äußersten Nordwesten des Stadtgebiets Teile des Walds auf beiden Seiten der Autobahn dazu.
FFH-Gebiet Würm-Nagold-Pforte
Bei diesem FFH-Gebiet handelt es sich im Wesentlichen um ein Buntsandsteinplateau, das von tiefen Flusstälern und Seitenklingen zerschnitten ist. Es gehört zum Naturraum Neckarbecken/Schwarzwald-Randplatten und enthält an bedeutsamen Lebensräumen artenreiche Borstgrasrasen, Schlucht- und Hangwälder sowie Auwälder mit Erlen, Eschen und Weiden. Kulturhistorisch und ökologisch ist das Rodungsinselgebiet am nordöstlichen Eingang zum Nordschwarzwald mit seinen artenreichen Wiesen und dem Streuobstbestand bedeutsam. Als besonders schützenswerte Arten verzeichnet die Gebietsbeschreibung den prächtigen Dünnfarn, die Gelbbauchunke, die Groppe und den Falter "Spanische Fahne". Das FFH-Gebiet hat eine Fläche von insgesamt 1382 ha. Die gesamte Fläche ist bereits Bestandteil verschiedener Naturschutz- bzw. Landschaftsschutzgebiete. In Pforzheim gehören Flächen entlang von Nagold und Würm sowie Teile des Walds im Hagenschieß zum FFH-Gebiet Würm-Nagold-Pforte. Gebietsüberschneidungen ergeben sich mit den Naturschutzgebieten Unteres Würmtal und Mangerwiese/Wotanseiche sowie mit dem Landschaftsschutzgebiet für den Stadtkreis Pforzheim.